复合微生物肥料检测第三方机构，在检测时，必须秉持科学、客观、公正的态度，以事实为依据，提供检测报告数据必须真实有效。所以，我们在对肥料产品检测时，必须让产品质量自己“说话”，这也就需要我们对其检测标准，检测项目有详细的了解。通常我们关心的复合微生物肥料检测费用、周期、制样取样、流程等问题，也都是与标准和项目分不开的。所谓心中有秤、遇事不慌，也就是这个道理。
复合微生物肥料想要进行质量检测，就需要委托第三方检测机构来出具合格报告。无论是国家监督部门，还是采购合作企业，一份合格的第三方检测出具的资质报告都可以让企业迅速通过国家监督部门的的审批，采购合作企业的青睐。此外，肥料登记证明申请，也需要复合微生物肥料检测的报告。
复合微生物肥料的检测标准是农业部颁发的NY/T798-2015《复合微生物肥料》。该标准从复合微生物肥料的菌种质量，外观质量、技术指标、无害化指标四个方面进行了详细规定。
一、菌种质量检测评价：
复合微生物肥料使用的微生物菌种，必须要经过鉴定检测，安全有效，对于菌种的学名、形态、生理特性、生化特性、安全性评价都有详细的鉴定报告。如果是采用的生物工程菌，还需要通过允许大面积释放的生物安全性批文。
二、外观质量检测评价：
复合微生物肥料要求形态上属于均匀的液体或固体产品。液体产品要求不能存在大量沉淀，如果有少量存在，也应该在轻摇以后呈分散均匀状态。粉状固体产品应该为松散，粒状固体产品不应该还有明显的机械杂质，而且要大小均匀。
三、技术指标检测评价：
复合微生物肥料技术指标是关键检测项目。主要有七个指标，它们分别为有效活菌数、总养分、有机质、杂菌率、水分、pH值、有效期。这其中，如果符合微生物肥料含有两种或以上有效菌，则每种有效菌数量不得少于0.01亿/g(mL).产品标明的养分含量偏差值不能大于2%。有效期指标可在用于仲裁检测，或监督部门抽查检测时使用。
四、无害化指标检测评价：
复合微生物肥料技术无害化指标其实也就是对有害微生物菌群及重金属物质的检测。具体检测指标有粪大肠菌群、蛔虫卵死亡率、镉含量、铅含量、铬含量、砷含量、汞含量七个指标。