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木瓜蛋白酶（Papain），又称木瓜酶，是一种蛋白水解酶。木瓜蛋白酶是番木瓜（Carieapapaya）中含有的一种低特异性蛋白水解酶，广泛地存在于番木瓜的根、茎、叶和果实内，其中在未成熟的乳汁中含量丰富。
木瓜蛋白酶颜色和性质：木瓜蛋白酶为乳白色至微黄色粉末，具有木瓜特有的气味,稍具有吸湿性。木瓜蛋白酶水解蛋白质能力强,但几乎不能分解蛋白胨，易溶于水,甘油,不溶于一般的有机溶剂,耐热性强。
木瓜蛋白酶适用于鱼类、贝壳类等水产品的水解。
木瓜蛋白酶主要应用于以下方面：
Ⅰ、食品工业：利用木瓜蛋白酶的酶促反应，可把食品中大分子的蛋白质水解成易于吸收的小分子肽或氨基酸，广泛适用于如：鸡、猪、牛、海产品、血制品、大豆、花生等动植物蛋白酶解、肉类嫩化剂、酒类澄清剂、饼干松化剂、面条稳定剂、Chemicalbook保健食品、酱油酿造及酒类发酵剂等，即可提高食品的营养价值，又可降低成本。
2、饼干行业：降低面团湿筋度、改良面团可塑性及理化性质，使蛋白质大分子水解成短肽和氨基酸，从而有利于糖类和氨基类物质进行复杂的美拉德反应，使产品上色快，色泽悦目有油润光鲜感