一、菠萝蛋白酶在食品加工业的应用
1、焙烤食品：将菠萝蛋白酶加入生面团中，可使面筋降解，生面团被软化后易于加工。并能提高饼干与面包的口感与品质。
2、干酪：用于干酪素的凝结。
3、肉类的嫩化：菠萝蛋白酶将肉类蛋白质的大分子蛋白质水解为易吸收的小分子氨基酸和蛋白质。可地应用于肉制品的精加工。
4、菠萝蛋白酶在其它食品加工业中的应用，有人已经用菠萝蛋白酶来增加豆饼和豆粉的PDI值和NSI值，从而生产出可溶性蛋白制品及含豆粉的早餐、谷类食物和饮料。其它还有生产脱水豆类、婴儿食品和人造黄油；澄清苹果汁；制造软糖；为病人提供可消化的食品；给日常食品添味等。
二、菠萝蛋白酶在医药、保健品业的应用
1、抑制肿瘤细胞的生长
经相关临床研究观察表明，菠萝蛋白酶能抑制肿瘤细胞的生长。
2、对心血管疾病
菠萝蛋白酶作为蛋白水解酶对心血管疾病的是有益的。它能抑制血小板聚集引起的心脏病发作和中风，缓解心绞痛症状，缓和动脉收缩，加速纤维蛋白原的分解。
3、用脱痂
菠萝蛋白酶能选择性地除皮，使新皮移植得以尽早进行。动物实验证明，菠萝蛋白酶对邻近的正常皮肤无不良影响。局部使用不影响菠萝蛋白酶的效果。
4、作用
菠萝蛋白酶在各种组织中能有效地炎症和水肿（包括血栓静脉炎、骨骼肌损伤、血肿、口腔炎、人溃疡及运动损伤），菠萝蛋白酶具有炎症反应的潜力。菠萝蛋白酶还可。
5、增进吸收
将菠萝蛋白酶与各种（如四环素，阿莫西林等）联用，能提高其。相关研究表明,它能促进在感染部位的传输，从而减少的用药量。据推断，也有类似的作用。此外，菠萝蛋白酶能促进营养物质的吸收。
三、菠萝蛋白酶在美容化妆品业中的应用
菠萝蛋白酶具有嫩肤、美白去斑的功效。
基本作用原理：菠萝蛋白酶可作用于人体皮肤上的老化角质层，促使其退化、分解、去除，促进皮肤新陈代谢，减少因日晒引起的皮肤色深现象。使皮肤保养呈现良好白嫩状态。